코만도는 군대에서 특정한 대상을 재빠르게 습격하기 위해 편성되는 특수부대이다. 이들은 빠른 기동성을 지니며 경무장 하여 기습 침투를 주임무로 한다.  낙하, 등반 등의 기술을 능숙하고, 때로는 대테러리즘, 정찰, 파괴 공작 등의 특화된 높은 위험성을 가진 임무를 수행한다. 세계 각처의 분쟁 해결을 위해 싸우던 특수부대 코만도의 매트릭스는 은퇴 후 딸 제니와 산 속에서 은둔 생활을 한다. 그러나 매트릭스가 현역 시절, 그에 의해 추방 당한 알리우스는 매트릭스에게 원한을 품고 옛 부하들과 손잡고 복수를 꾀하는 한편, 옛날의 권좌를 되찾으려고 매트릭스의 딸 제니를 납치하여 매트릭스에게 교환 조건으로 자신이 독재했던 나라의 민선 대통령을 제거해 달라고 요구한다. 매트릭스는 사랑하는 딸 제니를 위하여 손을 놓았던 무기들을 다시 잡고 알리우스의 기지로 향해 출발한다. 그는 그들이 요구한 제한 시간내에 알리우스 일당을 해치우고 딸 제니를 무사히 구출해 돌아온다.