판례분석하는데 너무 어려워서요.. 아래 판결 내용 좀

① 청구인(원고) 및 피고의 주장, 판사의 판결내용

② 소송과 관련된 법령의 소개(법인세법을 중심으로)

③ 판결내용과 상식과의 차이점이 있는 경우 차이점

-소송의 쟁점사항에 대한 세법과 상식의 차이점 등

-만약 기업(원고)의 담당자였다면 쟁점사항의 회계처리 전에 어떤 의사결정을 할 수 있었을지 여부

 이런 식으로 전체적인 흐름좀 설명해주세요ㅠㅠ!!

법인세부과처분취소
[대법원 2013.10.31, 선고, 2010두4599, 판결]

【판시사항】
[1] 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임의 소재(=과세관청) 및 필요경비나 손금에 관한 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있는 경우
[2] 과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 되는지 여부(적극)와 증액경정 시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일한지 여부(적극) 및 감액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 항고소송의 대상이 되는지 여부(적극)
 [3] 법인이 특수관계자에 대한 채권에 대한 소멸시효 중단을 위한 별다른 조치를 취하지 아니함으로써 소멸시효가 완성된 경우 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호에 해당하여 인정이자 익금산입을 계속할 수 있는지 여부(소극)
【참조조문】
[1] 국세기본법 제16조
[2] 국세기본법 제22조의2, 제45조의2, 제55조, 행정소송법 제19조, 제20조
[3] 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제9호
【참조판례】
[1] 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결(공1997하, 3327) / [2] 대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결(공1997상, 114), 대법원 1999. 5. 28. 선고 97누16329 판결(1999하, 1305), 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결(공2009상, 891) / [3] 대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두16561 판결(공2009하, 2039)
【전문】
 【원고, 상고인 겸 피상고인】
세경건설 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 에이펙스 담당변호사 이승열)
【피고, 피상고인 겸 상고인】
춘천세무서장
【원심판결】
서울고법 2010. 1. 14. 선고 2006누8015 판결【주 문】
상고를 모두 기각한다. 상고비용은 상고인 각자가 부담한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 경과된 후에 제출된 상고이유보충서는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1.  원고의 상고이유에 대하여
 가.  상고이유 제1점
 원심은 판시 사정을 근거로 1996 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소 부분은 중복제소금지의 원칙에 위배되어 부적법하다고 판단하였다.
원심판결 이유를 관련 법리에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심판단에 상고이유 주장과 같이 중복제소에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
 
나.  상고이유 제2, 3점
 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, (1) 납세자가 당초 신고한 것과 달리 차입금이 사업용 고정자산의 건설자금과 무관하다거나 건설자금으로 사용되었는지 여부가 분명하지 아니하다는 이유로 그 차입금에 대한 지급이자를 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 경우에는 그에 대하여 납세자가 증명할 필요가 있는데, (2) 원고가 1999 사업연도 및 2000 사업연도 귀속 각 법인세 과세표준을 신고하면서 손금에 불산입한 차입금 지급이자인 1999 사업연도의 춘천석사아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자, 원주구곡아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자, 군산나운아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자 및 2000 사업연도의 원주구곡아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자, 군산나운아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자에 대하여, 위 임대아파트들의 건설자금과 무관하다거나 그 건설자금으로 사용되었는지 여부가 분명하지 아니하다고 인정할 증거가 부족하며, (3) 오히려 ① 원고는 사업용 고정자산에 해당하는 임대아파트의 건설 및 임대업을 주된 업무로 하고, ② 국민주택기금 차입금은 그 용도가 엄격히 제한되어 있을 뿐만 아니라 대출한도의 설정방법, 대출금의 지급방식 등이 미리 정해져 있으며, ③ 원고는 향후 건설할 아파트단지별로 구분하여 국민주택기금에서 대출을 받았고, 실제로 각 임대아파트를 건설한 판시 사정 등에 비추어, 위 국민주택기금 차입금 지급이자들이 고정자산인 임대아파트의 건설자금에 충당한 차입금의 이자에 해당한다는 취지로 판단하였다.
원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심판단에 상고이유 주장과 같이 법인세법상 건설자금 및 그 지급이자에 관한 법리를 오해하거나 자유심증주의의 한계를 벗어나 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
그리고 원고는 국민주택기금 차입금 이외의 일반 차입금 가운데 임대아파트 건설자금으로 사용된 부분을 초과하는 부분에 대한 지급이자를 손금에 산입하여야 한다고 상고이유로 주장하나, 원고가 일반 차입금 가운데 어느 부분을 임대아파트 건설자금 이외의 용도로 사용하였는지에 관하여 구체적인 주장을 하지 아니하고 있고 임대아파트 건설자금 이외의 용도로 사용된 일반 차입금의 범위를 구체적으로 특정할 증거도 없으므로, 앞서 본 법리에 비추어 그 주장을 받아들일 수 없다.
 
다.  상고이유 제4점
 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항은 기술개발준비금을 손금으로 산입하는 것을 허용하는 한편, 같은 조 제2항은 기술개발준비금을 손금에 산입한 과세연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 그 기술개발준비금을 기술개발비 등 대통령령이 정하는 비용(이하 ‘기술개발비 등의 비용’이라 한다)에 지출한 경우에는 이를 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 분할하여 익금에 산입하지만(제1호), 기술개발비 등의 비용 지출을 초과하는 나머지 기술개발준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 익금으로 산입하도록 규정하였다(제2호).
그리고 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).
원심은, 구 조세감면규제법 제8조 제1항의 규정에 의하여 1996 사업연도의 손금에 산입한 이 사건 기술개발준비금 2억 원 중 아직 익금에 산입할 시기가 도래하지 아니한 1억 원은 1999 사업연도의 익금에 산입할 수 없다는 원고의 주장에 대하여, 이 사건 기술개발준비금 2억 원 중 1억 원에 관하여 같은 법 제8조 제2항에서 규정한 익금에 산입할 시기가 도래하지 아니하였다고 볼 수 없고, 나아가 원고가 위 1억 원을 기술개발비 등의 비용으로 지출하였다고 볼 자료도 없다는 이유로, 이를 배척하였다.
원심판결 이유를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심판단에 상고이유 주장과 같이 과세요건의 증명책임 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
 
라.  상고이유 제5점
 원심은, 학교법인 세경학원(이하 ‘세경학원’이라 한다)은 원고와 법인세법상 특수관계에 있는 자로서 원고가 세경학원에 대하여 거액의 공사대금채권을 보유함에도 이를 회수하지 아니하고 소멸시효를 도과시킨 적이 있고, 원고가 1999 사업연도에 세경학원에 지급한 1억 원은 연구개발비 명목으로 지급된 것이지만 세경학원에 이에 관한 연구 실적이 없고 연구개발비로 사용되지도 아니한 사정 등에 비추어, 위 1억 원은 조세특례제한법상 손금산입의 대상이 되는 사립학교법에 의한 사립학교 등에 대한 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금에 해당하지 아니하고 오히려 특수관계자에 대한 대여금에 해당한다고 판단하여, 이와 달리 세경학원이 위 1억 원을 연구비로 사용하였는지에 관계없이 기부금으로 손금에 산입하여야 한다는 이유로 피고가 이를 익금에 산입하는 동시에 대여금으로 인정하여 그 인정이자를 1999 사업연도와 2000 사업연도의 익금에 산입한 것이 위법하다는 원고의 주장을 받아들이지 아니하였다.
원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심판결에 상고이유 주장과 같이 조세특례제한법상의 기부금에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
 
마.  상고이유 제6점
 피고가 원고의 1999. 11. 17.자 세경파이낸스에 대한 석미개발 주식 양도를 부당행위계산부인하여 그 주식의 평가차액 515,212,500원을 익금산입한 것에 대하여 원고가 그 주식이 과다 평가된 사실을 주장·증명하였음에도 원심은 이에 대하여 아무런 판단을 하지 아니하였다는 상고이유 부분은, 원심이 원고의 위와 같은 주장을 받아들여 1999 사업연도 법인세 등 부과처분 가운데 관련 부분을 위법하다고 판단하고 정당한 세액을 계산하면서 그 부분을 익금에서 제외하였으므로, 이를 받아들이지 아니한다.
 
바.  상고이유 제7, 8점
(1) 과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 된다. 이는 증액경정 시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하다(대법원 1999. 5. 28. 선고 97누16329 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등 참조). 한편 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 주는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우에 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되지는 아니한다 할 것이다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).
그리고 법원의 판결에 당사자가 상고이유로 주장한 사항에 대한 구체적·직접적인 판단이 표시되어 있지 않았더라도 판결 이유의 전반적인 취지에 비추어 그 주장을 인용하거나 배척하였음을 알 수 있는 정도라면 판단누락이라고 할 수 없고, 설령 실제로 판단을 하지 아니하였더라도 그 주장이 배척될 경우임이 분명한 때에는 판결 결과에 영향이 없어 판단누락의 위법이 있다고 할 수 없다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009다88631 판결 참조).
 (2) 원심판결 이유에 의하면, ① 원고가 2001. 3. 30. 피고에게 2000 사업연도 법인세의 과세표준을 211,915,705원, 산출세액을 47,336,397원으로 각각 신고하고, 2001. 3. 31. 자진예납세액과 원천납부세액을 포함하여 합계 84,161,997원을 납부한 사실, ② 피고가 2001. 8. 1. 위 신고·납부 당시 손금산입되었던 투자자산처분손실 754,075,000원과 지분법평가손실 29,503,945원 합계 783,578,945원을 손금불산입하여 이를 당초 손금산입액 1,209,683,569원에서 공제하고 익금산입액에 가산하는 방법으로 소득금액을 조정함으로써 과세표준을 995,494,650원, 결정세액을 301,227,391원(= 법인세 266,738,502원 + 가산세 34,488,889원)으로 각각 산정하여 2000 사업연도 법인세와 가산세 253,890,994원을 추가 고지하는 증액경정처분을 한 사실, ③ 피고가 2002. 3. 25. 당초 신고된 익금산입액 840,263,803원 이외에 특수관계자인 한국수전 주식회사(이하 ‘한국수전’이라 한다)에 대한 공사대금채권 등 합계 1,138,804,797원의 채권회수 지연에 따른 인정이자 216,372,911원, 비업무용 부동산 보유에 따른 차입금 이자 430,956,213원 등 합계 767,759,861원을 추가로 익금산입하고, 기술개발준비금 33,333,333원을 추가로 손금산입함으로써 과세표준을 946,342,233원, 결정세액을 337,742,562원(= 법인세 252,975,825원 + 가산세 84,766,737원)으로 각각 산정하여 2000 사업연도 법인세와 가산세 290,406,165원을 다시 추가 고지하는 증액경정처분을 한 사실, ④ 피고가 2003. 9. 18. 위 2002. 3. 25.자 증액경정 당시 익금산입한 비업무용 부동산 보유에 따른 차입금 이자 가운데 춘천시 (주소 생략) 토지 중 11,643㎡와 관련된 차입금 이자 41,467,118원을 익금에서 제외함으로써, 2002. 3. 25. 증액경정 당시의 과세표준 946,342,233원을 904,875,115원으로, 결정세액도 337,742,562원에서 321,444,974원(= 법인세 241,365,032원 + 가산세 80,079,942원)으로 각각 감액하여 고지하는 감액경정처분을 한 사실을 알 수 있다.
위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고의 수차례에 걸친 증액 및 감액 경정처분 가운데 2002. 3. 25.자 부과처분만이 취소소송의 대상이 되고, 피고가 2001. 8. 1. 원고에게 2000 사업연도 법인세로 추가 고지한 세액 253,890,994원 부분은 2002. 3. 25.자 부과처분에서 정한 세액에 흡수되어 그 일부를 구성한다고 할 수 있다.
 (3) 한편 원고는 2000 사업연도 법인세와 관련하여 주위적으로 피고가 2002. 3. 25. 원고에게 증액 경정 고지한 법인세 중 2003. 9. 18. 감액 경정된 321,444,974원의 부과처분 취소를 구하면서, 예비적으로는 피고가 2002. 3. 25. 원고에게 고지한 법인세 337,742,562원을 초과하여 징수 결정한 253,890,994원의 취소를 구하고 있다.
그런데 위에서 본 것과 같이 2001. 8. 1.자 증액경정처분은 2002. 3. 25.자 부과처분에 흡수되어 2002. 3. 25.자 부과처분만이 취소소송의 대상이 되는데, 원심은 2000 사업연도 법인세 등의 정당한 과세표준과 세액을 산정하면서, 2002. 3. 25.자로 추가 고지된 법인세 등 증액분 290,406,165원뿐만 아니라 이미 2001. 8. 1.자로 추가 고지되었던 법인세 등 증액분 253,890,994원도 포함시켜 익금산입액 및 손금산입액을 새로 산정하고 그 결과를 반영한 정당한 세액을 산정한 다음, 피고가 실제 부과한 법인세 등 세액에서 원심이 산정한 정당한 세액을 공제한 나머지 차액만을 피고의 2002. 3. 25.자 부과처분 가운데 취소대상 세액으로 보았다.
그렇다면, 원심이 원고가 주위적으로 주장하는 것으로 보이는 2002. 3. 25.자 부과처분 중의 일부를 취소하고 나머지 청구를 기각하는 과정에서 위 253,890,994원 부분에 관하여 명시적인 판단을 하지 아니하였더라도 그 부분을 포함하여 판단이 이루어진 것으로 볼 수 있으므로, 비록 원심판결 이유 중에 일부 적절하지 아니한 부분이 있기는 하지만, 원심이 재판을 누락하였다고 볼 수 없다. 그리고 위 253,890,994원 부분이 2000 사업연도 법인세 등의 정당한 세액 범위를 넘는 부분에 해당하지 아니하는 이상, 2002. 3. 25.자 부과처분 시 법인세 등으로 290,406,165원만을 추가 고지하였다 하여 피고가 원고로부터 위 금액 범위에 해당하지 아니하는 위 253,890,994원의 세액 부분을 징수할 수 없게 되는 것은 아니기 때문에, 2002. 3. 25.자 부과처분을 이유로 위 253,890,994원의 세액 부분을 징수할 수 없다는 취지의 원고의 예비적 주장은 받아들일 수 없음이 분명하다. 따라서 원심이 원고의 위와 같은 예비적 주장 부분을 판단하지 아니하였더라도 판결 결과에 영향이 없으며, 원심판결에 판단누락의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 부분 상고이유 주장을 받아들이지 아니한다.