회사 연말 정산 후에 회사에서 미리 배포한 근로소득원천 징수 영수증을 토대로 국세청 2014년 연말정산 자동 계산했는데, 그 결과가 회사에서 한 연말 정산 결과와 달라요.

먼저 연말정산을 끝낸 회사가 검토용으로 배포한 원천징수 영수증 상에 나와있는 총급여/근로소득공제/근로소득금액/종합소득과세표준액/산출세액 및 그 밖에 세금 및 소득공제 금액도 십원 단위까지 동일하고, 마지막 세액공제계 금액과  결정세액도 십원단위까지 동일합니다.

한 가지 다른 점은,

기납부 세액이 회사는 3,153,970원, 국세청은 3,759,597원이 나왔어요.

그래서 회사 연말정산 결과로는 약 25만원 정도 공제가 되는걸로,

국세청 결과로는 약 37만원 정도 돌려받는 걸로 나왔는데...

회사 결과로 이비 2월달 급여에서 공제가 되었네요....ㅠ

질문

1. 원천징수 상의 세금 및 소득공제 금액이 십원단위까지 모두 동일한데, 기납부 세액이 달라질 수 있나요?

2. 기납부 세액의 계산 방법은 어떻게 되나요?