비영리법인으로 사업자번호만 가진 단체(법인번호 없음)의 직원인데

홈텍스에서 사업자번호로 직원들 소득세 납부를 했고,
그 다음 위텍스에서는 실수로 대표자 주민번호로 지방소득세를 납부했습니다.
그래서 소득세납부는 단체가 낸 걸로 나오는데 지방소득세는 대표자 개인이 낸 걸로 확인됩니다.
납부하기 전에 뭔가 이상해서 세무서에 문의했지만 다들 그렇게 한다해서 그냥 납부는 했습니다.
그런데 곰곰히 생각하니 나중에 대표가 연말정산을 하면 지방소득세가 소득세의 10%보다 더 나올 것 같아 문제가 생길 거란 생각이 듭니다. 게다가 나중에 위택스코드를 보니 개인01 말고도 단체코드도 있더군요.
제가 잘못신고한게 맞나요. 맞다면 어떻게 해야할까요. 세법은 배우지도 않았는데 물어볼 데도 없어 주먹구구식으로 업무를 진행하느라 너무 힘드네요. 답변주시면 감사하겠습니다.